Виявлення Disney/Pixar Nemo містить дві основні сюжетні лінії. Як і в анімаційному художньому фільмі 2003 року, риба -клоун Немо направляється на перший день у школі, коли він захопив біля великого бар'єрного рифу Австралії дайвером -підводним дайвером і закінчується в акваріумі в кабінеті стоматолога. У першій сюжетній лінії гравці беруть на себе роль батька Немо, Марліна, який за сприяння забудькуваній рибці Blue Tang на ім'я Дорі, повинен вирішити головоломки та майстер-аркадні міні-ігри в пошуку його зниклого сина. Друга сюжетна лінія передбачає спроби Немо стати друзями з іншими мешканцями акваріума, щоб приєднатися до банди танка та доп