Situado vários anos após o final de Risen, os titãs furiosos devastaram o mundo e empurraram a humanidade à beira da existência. Posteriormente, as criaturas monstruosas subiram das profundezas aquosas do mar e seus ataques deixaram toda a marinha marítima. O herói, agora membro da Inquisição, é enviado para descobrir como parar o caos causado por essas criaturas do fundo. Sua busca começa com rumores de que os piratas que freqüentam as ilhas do sul são os únicos que sabem uma maneira de se livrar das criaturas de uma vez por todas e acabar com seu reinado de terror.