Po wydarzeniach z przełomowego oryginalnego Crysis, kosmici wrócili do świata spustoszenia katastrofami klimatycznymi. Gdy najeźdźcy odpadli na Nowy Jork i rozpoczynają napaść, która zagraża całkowitemu unicestwieniem ludzkości, tylko Ty masz technologię, aby poprowadzić walkę. Grając jako super-żołnierz wyposażony w ulepszony Nanosuit 2.0, musisz dostosować się do pola bitwy przy użyciu umiejętności ukrycia, zbroi i zdolności energetycznych. Dostosuj swoje nanosuit i broń w czasie rzeczywistym i odblokowuj niesamowite nowe moce podczas walki o przetrwanie ludzkości.