Je speelt Adam Jensen, een ex-SWAT-specialist die is uitgekozen om toezicht te houden op de verdedigende behoeften van een van Amerika's meest experimentele biotechnologiebedrijven. Jouw taak is om bedrijf Secrets te beschermen, maar wanneer een Black OPS-team wordt ingebroken en de wetenschappers doodt die je bent aangenomen om te beschermen, alles wat je dacht dat je wist over je werkveranderingen.