Subaeria est un jeu d'action-puzzle intense avec des éléments roguelike. Les joueurs font appel à leur ingéniosité pour manipuler leurs ennemis afin qu'ils se détruisent mutuellement. Ils devront faire preuve d'ingéniosité dans leur approche des différentes situations et réfléchir stratégiquement à la manière d'utiliser leur environnement et leurs capacités pour vaincre leurs ennemis.