Vous incarnez Adam Jensen, un ancien spécialiste de Swat qui a été trié sur le volet pour superviser les besoins défensifs de l'une des sociétés de biotechnologie les plus expérimentales d'Amérique. Votre travail consiste à sauvegarder les secrets de l'entreprise, mais lorsqu'une équipe Black Ops intervient et tue les scientifiques mêmes que vous avez embauchés pour protéger, tout ce que vous pensiez savoir sur vos changements de travail.