Establecido varios años después del final de Risen, los titanes furiosos han devastado el mundo y llevaron a la humanidad al borde de la existencia. Posteriormente, las monstruosas criaturas han surgido de las profundidades acuosas del mar y sus ataques han llevado todo el mar de mareo. El héroe, ahora miembro de la Inquisición, se envía para averiguar cómo detener el caos causado por estas criaturas desde las profundidades. Su búsqueda comienza con los rumores de que los piratas que frecuentan las islas del sur son los únicos que conocen una forma de deshacerse de las criaturas de una vez por todas y terminan su reinado de terror.