La grande emissione, il più grande scoppio di energia anomalo dal secondo incidente nella centrale nucleare di Chernobyl, ha scosso di nuovo il mondo e ha rimodellato la zona. Per indagare sulla sua causa e prevenire futuri cataclismi è la tua unica possibilità di sopravvivere in S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky.
Con l'attività anomala al massimo, la zona instabile continua a tremare con gli outburst. La trasformazione della mappa della zona destabilizza il fragile equilibrio delle forze nella zona. Le ostilità per i nuovi territori, i campi di artefatto e le sfere di influenza si riaccendono tra i gruppi.