La ricerca di Disney/Pixar NEMO presenta due trame principali. Come nel film d'animazione del 2003, il clown Fish Nemo è diretto per il suo primo giorno a scuola quando viene catturato vicino alla Grande barriera corallina australiana da un subacqueo e si avvia in un acquario nell'ufficio di un dentista. Nella prima trama, i giocatori assumono il ruolo del padre di Nemo, Marlin, che con l'assistenza di un pesce blu regale di nome Dory di nome Dory, deve risolvere i puzzle e il maestro mini-giochi in stile arcade nella loro ricerca del figlio scomparso. La seconda trama prevede i tentativi di Nemo di diventare amici degli altri abitanti dell'a