SCP Foundation er blevet mørkt. Forstyrrende Intel fra et af de mange fundamentsteder, Area-12, en biologisk forskning og specialiseret indeslutningsfacilitet dybt under jorden i West Virginia, er blevet videresendt til FBI, der sender operativer fra deres anomal gren, UIU (usædvanlige forekomster enhed) til at undersøge inden de indledte fakefejlprotokolen Lock-down, der lader dig være alene og uden sikkerhedskopi. Af de endnu uklare grunde har Area-12 vedtaget en ny dagsorden, der skaber våbenhybrider af anomalier på denne facilitet, og nu skal UIU komme til bunden af "hvorfor" og stoppe dem inden disse monstrositeter er løsrevet på uskyl