Disney/Pixar's Finding Nemo har to hovedhistorier. Som i den animerede spillefilm i 2003 er Clown Fish Nemo på vej mod sin første dag i skolen, når han er fanget i nærheden af Australiens Great Barrier Reef af en dykker og vinder op i et akvarium på en tandlæge. I den første historie tager spillerne rollen som Nemos far, Marlin, der med hjælp fra en glemmelig Regal Blue Tang-fisk, der hedder Dory, skal løse puslespil og Master Arcade-stil mini-spil i deres søgning efter hans savnede søn. Den anden historie involverer Nemos forsøg på at blive venner med de andre indbyggere i akvariet for at deltage i tankbanden og hjælpe med at trække deres