Du spiller Adam Jensen, en ex-swat-specialist, der er blevet håndplukket for at føre tilsyn med de defensive behov hos et af Amerikas mest eksperimentelle bioteknologifirmaer. Dit job er at beskytte virksomhedens hemmeligheder, men når et Black Ops-team bryder ind og dræber de meget forskere, du blev ansat til at beskytte, alt hvad du troede, du vidste om dit job ændrer sig.